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Los sistemas de clasificación se componen de varias categorías taxonómicas (o táxones) ordenadas jerárquicamente. El taxon se puede definir como un grupo de clasificación de seres vivos, de cualquier rango o tamaño. Al taxon más amplio, el que alberga a mayor número de organismos, se le llama Reino. La clasificación de los seres vivos en Reinos nos permite tener una visión general de los organismos que habitan en la Biosfera y citar cuáles de todos ellos estudiaremos en esta asignatura. Las clasificaciones de seres vivos en Reinos son muy variadas y su discusión, aunque apasionante, está fuera de los objetivos de esta asignatura. Para aligerar la asignatura, y asumiendo que se trata de una simplificación alejada de los conocimientos actuales sobre la materia, adoptaremos una clasificación de seres vivos en cinco Reinos, propuesta por Margulis y Schwartz en 1985: 1. Reino Monera: son organismos procariotas (las células no tienen el ADN incluido en un núcleo verdadero), y por lo tanto no hay mitosis. Este Reino agrupa a las bacterias, cuyo metabolismo puede ser autótrofo o heterótrofo, es decir, pueden utilizar CO2 o materia orgánica, respectivamente, como fuente de carbono. Dentro de las bacterias, la Botánica sólo estudia actualmente las cianobacterias, también llamadas algas cianofíceas o algas verdeazules o algas azulverdosas. Las cianobacterias se distinguen de otras bacterias porque son fotoautótrofas (utilizan luz como fuente de energía y CO2 como fuente de C) y además en su fotosíntesis desprenden O2 porque utilizan agua como fuente de poder reductor: 2. Reino Protoctista: son organismos muy variados, que en realidad se clasifican dentro de este Reino porque no encajan bien en el resto de Reinos. Por ello, es un Reino difícil de definir, ya que los organismos que se incluyen en él pueden ser autótrofos o heterótrofos, unicelulares o pluricelulares, pero en todo caso carecen de embrión (primeras etapas en la vida de un organismo, que se desarrollan bajo la protección del organismo parental). Dentro de este Reino, la Botánica estudia muchas algas eucariotas, tanto unicelulares como pluricelulares, pero también se agrupan en este Reino otros organismos no estudiados por la Botánica, como los Protozoos (paramecios, amebas, etc.). 3. Reino Fungi (Hongos): son organismos heterótrofos, y por lo tanto no hacen fotosíntesis (carecen de clorofila), sino que deben utilizar como fuente de carbono materia orgánica previamente sintetizada por otros organismos. Su nutrición se realiza por exoenzimas: vierten exoenzimas al medio externo, esas exoenzimas procesan materia orgánica que existe fuera de su cuerpo (por ejemplo, la hojarasca del suelo de un bosque), y una vez metabolizada dicha materia orgánica, absorben las moléculas sencillas resultantes (azúcares sencillos, aminoácidos, etc.) para utilizarlas en su propio metabolismo. La Botánica estudia todos los organismos del Reino Fungi, que incluye tipos muy diversos de hongos, desde hongos microscópicos como la levaduras o muchos patógenos de plantas y animales, hasta las setas.

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